La muerte, misericordiosa, le sorprende en San Pedro Alejandrino, una hacienda cercana a Santa Marta, el 17 de diciembre de 1830. Su última proclama, firmada el día 10, después de haber recibido los auxilios espirituales de un sacerdote, es un elocuente testimonio de su grandeza, de su desprendimiento y de la rectitud de su espíritu. Es, también, y sobre todo, un legado donde señala rumbos hacia el futuro."
Los pueblos que liberó su espada conservan la esperanza de que sus hombres revivan el espíritu de Simón Bolívar y culminen su obra.
Los malentendidos entre Colombia y el Perú conducen a una guerra, concluida felizmente, después de la batalla de Tarqui, con la afirmación de Sucre de que la justicia de su causa era la misma antes que después de la victoria. Se convoca a un nuevo congreso, que se reúne en Boyacá en la apoteósica entrada en Caracas enero de 1830 y que la elegante precisión del verbo bolivariano denomina infructuosamente "Admirable"). Lo preside Sucre, quien realiza los mayores esfuerzos por lograr la reunificación con Venezuela. Todo resulta inútil. El destino ha marcado su signo.
El proceso es fatal. Sucre es asesinado el 4 de junio en la montaña de Berruecos, cuando regresaba a su hogar rumiando amargas preocupaciones. Por otra parte, el Congreso de Venezuela, temeroso de que la presencia del Libertador volviera a disipar los proyectos separatistas, pone como condición a todo diálogo su exclusión del territorio nacional: es el más duro de los ultrajes y el más triste de los hechos históricos de nuestra República.
El congreso colombiano, a su vez, le acepta la renuncia; designa un nuevo presidente que no asume por lo pronto el poder; el general Rafael Urdaneta, se hace cargo del gobierno el 5 de septiembre, instando al Libertador a volver. Este, que se halla en ruta a la costa atlántica con el propósito de pasar a Europa, encuentra en el deterioro de su quebrantada salud el desenlace de su ciclo vital.
Le da hospitalidad en la quinta de San Pedro Alejandrino, cerca de Santa Marta, un hidalgo español, Joaquín de Mier; y lo atiende en su última enfermedad un médico francés, Alejandro Próspero Reverend, que ganó con su afecto por el noble paciente la gloria de la inmortalidad. Historiadores médicos discuten hoy acerca del tratamiento que indicó Reverend: lo cierto es que ya la inmensidad de la figura y de la obra de Bolívar no cabían en el escenario de su vida.
Sabía que iba a morir, se preparó dejando un mensaje inolvidable en el que sus últimos deseos los expresaba y el sacrificio de su existencia lo ofrecía, para recomendar el mantenimiento de la unión grancolombiana. El obispo José María Esteves, de Santa Marta, y el cura de Mamatoco, Hermenegildo Barranco, le dieron los últimos auxilios religiosos. Falleció el 17 de diciembre de 1830. Tenía solamente 47 años: pero ya resonaba la frase del elocuente Choquehuanca, quien desde el Perú había pronosticado: "con el tiempo crecerá vuestra gloria como crece la sombra cuando el sol declina".
Sus restos, inhumados solemnemente en la catedral de Santa Marta, fueron trasladados a la catedral de Caracas en 1842, en apoteosis presidida por el general Páez y narrada en párrafos neoclásicos por Fermín Toro. De la catedral pasaron, en el gobierno de Guzmán Blanco, al Panteón Nacional, un templo donde predomina la afirmación de su grandeza. En medio de su increíble actividad, la soledad de su espíritu se resentía de la falta de un verdadero amor.
El recuerdo de la esposa muerta lo acompañaba siempre. Comprendía que, tal vez, si ella hubiera vivido, su destino heroico no se habría cumplido (se le atribuye la expresión de que no habría pasado de ser "alcalde de San Mateo"); pero el vacío que ella había dejado en su existencia no pudo llenarlo con las aventuras galantes, con encuentros furtivos, ni siquiera con manifestaciones de afecto, entremezclado con veneración, por más que provinieran de mujeres hermosas, inteligentes o sensibles.
Solamente una quiteña, Manuela Sáenz, de espíritu atrevido, pasando por encima de las normas sociales y provocando inevitables reacciones, al entregarse a él con irrefrenable vehemencia, llegó muy cerca de su corazón. No fue una mera relación carnal la que existió entre ellos: aquélla a la que llamó "sublime loca") le dio aliento de vida, y vino a convertirse en "libertadora del Libertador" cuando salvó su vida en el atentado septembrino, distrayendo a los conjurados mientras el Libertador se ponía a salvo. Los años finales de Manuela después de la partida y muerte dei amado, fueron un triste epílogo de su participación en la tragedia bolivariana.
No logró el Libertador consolidar en los nuevos estados la vida institucional. En su último año llegó a exclamar, en mensaje al Congreso: (Me ruborizo al decirlo: la independencia es el único bien que hemos adquirido, a costa de los demás . Y ya para concluir su periplo, imaginó que todo había terminado en un fracaso: "hemos arado en el mar.
Pero no. No había arado en el mar. Su figura continúa agigantándose, por encima de todos sus contemporáneos en el ámbito de su acción. El estudio de su pensamiento lo califica como uno de los más geniales visionarios del acontecer político y uno de los más brillantes cultores de la filosofía del estado, a la vez que uno de los más profundos conocedores de las realidades de los pueblos. Para las naciones que libertó-Venezuela, Colombia, Ecuador, Perú, Bolivia y Panamá es y será Padre de la Patria. Para toda Latinoamérica, su voz es mensaje y su figura es prototipo de las aspiraciones generosas.
En bronce o mármol, se encuentra en las principales plazas de las ciudades y pueblos de las repúblicas hijas de su espada. Su figura heroica campea en muchas capitales del mundo. Lima, Caracas,Bogotá, Quito, La Paz y Panamá no son las únicas: también, entre otras, Buenos Aires, México, Río de Janeiro, Santo Domingo, San Juan de Puerto Rico, Tegucigalpa, Guatemala; le hallamos en Puerto España y Kingston, en Nueva York y Washington, en Roma y París, Londres y Madrid, además de muchas otras ciudades como Cádiz, Garachico (Canarias), Trujillo (Perú), Arequipa, etc. Su nombre distingue una nación (Bolivia), un estado de Venezuela, numerosos distritos jurisdiccionales y diversas ciudades (en Venezuela, en la Argentina, en los Estados Unidos); es epónimo de universidades y liceos, así como de numerosas sociedades e instituciones.
El adjetivo "bolivariano" ha entrado, por él, al diccionario. Son incontables los libros que recogen su pensamiento o que se ocupan de su vida y de su obra; ha servido de inspiración a historiadores y poetas, a escultores y músicos, y hasta una ópera, estrenada en París, ha sido compuesta con su figura como tema. Maestro de maestros, su pensamiento ha servido de inspiración a pensadores y estadistas.
Y está vigente la hipérbole del insigne uruguayo José Enrique Rodo: " (...) si el sentimiento colectivo de la América libre y una no ha perdido esencialmente su virtualidad, esos hombres, que verán como nosotros en la nevada cumbre del Sorata la más excelsa altura de los Andes, verán, como nosotros también, que en la extensión de sus recuerdos de gloria nada hay más grande que Bolívar")
